一般的に言われているのは、
ショップ作成>デザイン設定>デザイン編集>共通テンプレート内にアナリティクスのコードを記載する
という方法です。
しかし、これだと、スマホ及びガラケーのテンプレートにもコードを記載しなければならず非効率です。
より、エレガントに設置する方法があります。この方法だと、</head>までに記載出来ます。
集客>検索エンジン対策
を開いて下さい。そのページの下の方に「headタグ内フリースペース設定」という項目があります。
この中に、アナリティクスのコードをPCショップ用の設定、モバイルショップ用の設定、スマートフォンショップ用の設定に記載すれば設置出来ます。
こちらの方が良いと思いませんか?