さくらインターネットのサーバーで、

「お客様のドメインの名前解決ができないため無料ssl機能をご利用いただけません。」

もしくは、

「お客様のドメインのサーバ設定が利用中のサーバとは異なるipアドレスに設定されているため、無料ssl機能はご利用いただけません。」

と表示されることがあります。

これは、サーバーとドメインの関連付けが完了してすぐの場合に起こりえます。

私もこのメッセージに悩まされたのですが、1日程経過したら、無事に無料SSL証明書を申し込めました。