ヘルプに書かれているやり方だと、タスクバーの横にあるトレイアイコンに収納出来ないと思います。
わざわざサポートに電話して、やりかたを教えてもらったので記載しておきます。
１．
まず、メモ帳や秀丸などを開いて「全角入力にした状態で」、Ctrl+F10を押します。するとメニューが開きます。
開かない場合は、半角入力になっていることが原因なので、「半角/全角キー」を押してから、Ctrl+F10を押して下さい。
２．
次に、プロパティ（環境設定）をクリック。
入力・変換タブ＞入力補助＞特殊＞テキストサービスの環境設定
を開いて、
テキストサービスを使用しない
にチェック
再起動を促されるので、再起動して下さい。
３．
再起動後、また、メモ帳や秀丸を開いて、「全角入力にした後」、Ctrl+F10を押して下さい。
プロパティ（環境設定）をクリック。
入力・変換タブ＞表示＞
「ATOKの状態を言語バーで表示する」のチェックを外してOK。
４．
ATOKパレットが表示されるので、右上の「トレイに格納」をクリックすれば、トレイアイコンとして表示されます。
以上です。
